デメリット

本来は、内部統制の整備状況の報告を求め、会計監査に資するためのものなのだが、結果的に厳格な内部統制の整備を要求してしまう側面を持つ。そのため整備が遅れていて、かつマンパワーが不足ぎみの企業にとっては、事業全体のプロセスの総チェックによる組織形態や業務手順の変更と、それに対応させるための社員教育、構築と運用には膨大な時間がかかり、初期費用も数～十数億円に上る場合がある。また、内部統制に完成形など存在しないわけで、継続的なコスト発生は避けられない。また業務効率向上のための提言といえる、「IT利用」に関しては、強制と解釈された向きもあり、混乱や錯綜が生じたケースもあった。

内部統制報告書の対象となる企業の範囲は支配下におかれるすべての企業が対象となる。ということは金融機関や企業が自己勘定で組成したファンドが出資したベンチャー企業等も対象の範囲に含まれる場合がある。企業の勃興期はダイナミズムに富んだ経営が求められるため、厳格な内部統制システムに縛られていては企業の成長を損なう恐れがある。